基礎(chǔ)研究（公共）實驗室
位于東三街院區(qū)醫(yī)技樓5樓，擁有單細胞文庫構(gòu)建解碼系統(tǒng)、流式細胞分選儀、數(shù)字式單分子多重基因表達譜分析系統(tǒng)、核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)等科研設(shè)備，完善分子生物學(xué)、細胞生物學(xué)、組織形態(tài)學(xué)等平臺建設(shè)，與臨床科室建立密切合作。現(xiàn)有科研人員23人（博士17人、碩士6人），引進瑞典哥德堡大學(xué)關(guān)繼奎副教授。在研科研項目37項，其中與院內(nèi)臨床科室開展合作6項、院外合作2項。
斑馬魚模式動物實驗室
實驗室位于東三街院區(qū)醫(yī)技樓5樓，擁有斑馬魚自動循環(huán)養(yǎng)殖系統(tǒng)、斑馬魚顯微注射系統(tǒng)、斑馬魚行為學(xué)分析儀、斑馬魚心率分析儀、體視熒光顯微鏡等大型設(shè)備。現(xiàn)有科研人員14人，其中博士4人。已建立了20余種兒童疾病斑馬魚模型，獲批科研項目11項，其中國家級項目1項，發(fā)表論文13篇，其中SCI論文8篇。與北京兒童醫(yī)院、鄭州大學(xué)、新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院等單位開展合作。實驗室廣受社會媒體關(guān)注，《河南日報》《大河報》、河南衛(wèi)視、都市頻道等多家媒體進行報道。
生物樣本庫
位于鄭東院區(qū)住院部B座負一層，主要包括樣本處理區(qū)、樣本存儲區(qū)，樣本質(zhì)控區(qū)、低溫寶藏區(qū)等。擁有全自動液體工作站、氣相液氮罐、生物安全柜、核酸蛋白測定儀、高壓滅菌鍋等設(shè)備。現(xiàn)有科研人員4人，其中博士1人。與北京兒童醫(yī)院樣本庫建立了樣本資源共享合作關(guān)系，2021年共收集生物樣本19107管，出庫291管。
臨床流行病研究室
位于鄭東院區(qū)一樓科研辦及東三街院區(qū)醫(yī)技樓6樓，主要為全院提供全方位臨床研究方法學(xué)技術(shù)支持與服務(wù)，定期開展培訓(xùn)。現(xiàn)有科研人員5人，其中博士2人。在引進專家王凱娟教授的指導(dǎo)下，積極推進兒童罕見病臨床資源數(shù)據(jù)庫建設(shè)，構(gòu)建兒童罕見病專病隊列研究。2021年為醫(yī)院臨床科室提供科研培訓(xùn)32次，開展科研服務(wù)200余次，培訓(xùn)300余人。
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